体育总局下面的足管中心设置有综合部、外事部、竞赛管理部、职业发展与监管部、技术部、青少年与社会发展部、国家队管理部共七个部门。2013年调整的足管中心下设综合部、规划法务部、外事部、竞赛管理部、青少部、女子部、技术部、国管部、社会发展部和市场部共10个部门。

如果目前的部门设置方案最终获得通过，那么足协部门将分为综合部、规划法务部、外事部、竞赛管理部、青训一部、青训二部、青训三部、技术部、国管部、社会发展部和市场部，共11个部门。考虑到我国人口众多，地域辽阔，关于中国足协的管理模式，专家们也提出建议，认为足协的管理可以根据国情设定各大区足球委员会管理的模式，而不是把全国各省市足协业务高度集中到足协，造成各项事务过于繁重，业务处理效率不高，更应设定有中国国情特点的管理模式。为了配合业务部门改革，加强一些重点部门的管理，各部门相关负责人也正在遴选之中，据悉，会有多个部门负责人面临变动。

同时，各部门工作人员还在继续招聘当中，足协也在考虑办公地点的搬迁。中国足协对部门设置进行改革后，为了适应部门增加后的办公环境和条件，尽管所费不菲，还是决定继续按照原来的计划，将办公地点从夕照寺的东玖大厦迁移到东四环的世东国际大厦。据悉，足协已经开始着手安排搬家的细节。据了解，除了与地处百子湾的世东国际大厦签订意向性协议外，足协还将进行装修的招投标准备工作，计划将在年底之前完成。而招投标的装修公司将通过招投标的工程公司进行，相关信息在足协官网也将有所公布。不过，搬家的意向已经实质性落实，但还没有走完全部程序，需报总局批准。

事实上，在《中国足球改革发展总体方案》和《中国足球协会调整改革方案》出台的2015年末，就有消息称改组后的中国足协将撤销青少部，中国足协当时辟谣称：“正围绕改革总体方案要求，积极布局全国性青训中心并完善构建青少年足球竞赛体系，推动青少年足球发展。现有青少部不仅不会被撤销，相反会从人力财力等资源上得到进一步加强保障。”现在看来，这个思路仍在推进或完善中。在青少部业务上，将校园足球、U系列联赛、青超联赛以及女足青训都拆分出来各自成立部门的做法并不多见，足协也有其考虑，目的是为了业务能够细分。

便于集中管理，应对国内日益高涨的足球热情，只是，青少年足球业务内部都有较强的关联性，从U系列选材、比赛到国字号队伍选拔都是相辅相成的。如果业务部门分开势必还要重新设计工作规范，因此部门的合作架构需要合理。这也要求足协领导的业务部门划分需要设计更细致的方案。